新版运行图将沿用“站站停+大站快车+特快列车”公交化运营模式，全天将开行飞霞-广州白云、番禺-惠州北、白云机场北-琶洲-东莞西、花都-肇庆、新塘南-深圳机场5条“站站停”交路，广州白云-清城-飞霞、肇庆-惠州北、番禺-惠州北、花都-惠州北、白云机场北-佛山西、新塘南-深圳机场6条大站快车或特快列车交路。

需要注意的是，运行图调整后，穗深城际铁路“大站快车”将新增停靠长安站，广惠城际铁路“特快列车”将新增停靠东莞西站，取消停靠广州长隆站，进一步加强枢纽站点间的联系。