如何从0开始拥有自己大脑的模型
最近成功打印了大脑模型，以下是详细步骤：
1. 获得大脑的扫描影像。
博主使用的是头部核磁共振影像。
你需要获得影像的nii文件（一种储存多维医学图像的文件格式，理论上来说CT也是可以的，或许你可以试试）。
注意，nii文件并不能直接用于打印，我们需要进行下一步处理。
2. 使用工具提取脑组织。
在打印时我们并不希望得到骨骼以及肌肉组织，于是需要使用工具进行提取。（注：该步骤可跳过，直接使用下文的3D Slicer工具也可进行分割，只是初学者精度可能相对较低）
这里使用的是hd-bet (Brain Extraction Tool)，在PowerShell里先 pip install hd-bet，完成后在命令行进入.nii文件所在文件夹，运行命令：hd-bet -i "input.nii" -o "brain.nii.gz"
路径中最好不要出现中文或空格。
运行完成之后你会获得brain.nii.gz文件，这是一个去除了骨骼和肌肉组织的脑影像。
3. 进行文件格式转换。
在3D Slicer官网下载该软件，导入刚刚得到的文件。
在上部菜单栏找到Segment Editor工具，对文件新建一个Segment。调整Threshold（一般右侧拉到最右，左侧视情况调节，直至闪动部分覆盖了所有想要打印的脑区），选择apply
（注：如果之前没有使用第二步所提到的工具，此时你应该使用的是原始影像，你需要调整至选择到了绝大部分的脑组织，而避免选中骨骼和其他组织）
在左侧操作区Islands部分保持默认（keep largest island），选择apply。
视情况可以使用smoothing进行平滑。
点击show 3D，即可查看最终模型。
（注：此时你可能会发现外观不是很美观，如部分组织提取过少，或者有一部分糊在一起，这时你可以通过调整Threshold滑块进行调整，重新apply，生成新的模型，直到调整为满意的样子）
在show 3D右边有一个小箭头，点击，选择导出格式和位置，即可获得可打印的stl文件。
4. 打印模型。
stl满足一般3D打印的文件需求，找到合适的打印机，调整参数（包括颜色、缩放率、填充率等。我使用的缩放率是40%，成品尺寸如上图所示，填充率为15%，颜色没找到粉色就使用了灰色）
5. 最终的一些提示。
（1）nii文件医院不一定能够提供，博主本人是参加研究获得的脑部核磁影像
（2）受文件以及打印精度限制，成品可能并不光滑。可以使用blender调整或者对成品用砂纸打磨
（3）本帖不涉及任何医疗建议，不能反映真实的解剖结构，身体不适请咨询医生。医学影像属个人隐私，请勿轻易分享或公布给他人。
https://www.xiaohongshu.com/discovery/item/6a27affe000000002101bb58
最近成功打印了大脑模型，以下是详细步骤：
1. 获得大脑的扫描影像。
博主使用的是头部核磁共振影像。
你需要获得影像的nii文件（一种储存多维医学图像的文件格式，理论上来说CT也是可以的，或许你可以试试）。
注意，nii文件并不能直接用于打印，我们需要进行下一步处理。
2. 使用工具提取脑组织。
在打印时我们并不希望得到骨骼以及肌肉组织，于是需要使用工具进行提取。（注：该步骤可跳过，直接使用下文的3D Slicer工具也可进行分割，只是初学者精度可能相对较低）
这里使用的是hd-bet (Brain Extraction Tool)，在PowerShell里先 pip install hd-bet，完成后在命令行进入.nii文件所在文件夹，运行命令：hd-bet -i "input.nii" -o "brain.nii.gz"
路径中最好不要出现中文或空格。
运行完成之后你会获得brain.nii.gz文件，这是一个去除了骨骼和肌肉组织的脑影像。
3. 进行文件格式转换。
在3D Slicer官网下载该软件，导入刚刚得到的文件。
在上部菜单栏找到Segment Editor工具，对文件新建一个Segment。调整Threshold（一般右侧拉到最右，左侧视情况调节，直至闪动部分覆盖了所有想要打印的脑区），选择apply
（注：如果之前没有使用第二步所提到的工具，此时你应该使用的是原始影像，你需要调整至选择到了绝大部分的脑组织，而避免选中骨骼和其他组织）
在左侧操作区Islands部分保持默认（keep largest island），选择apply。
视情况可以使用smoothing进行平滑。
点击show 3D，即可查看最终模型。
（注：此时你可能会发现外观不是很美观，如部分组织提取过少，或者有一部分糊在一起，这时你可以通过调整Threshold滑块进行调整，重新apply，生成新的模型，直到调整为满意的样子）
在show 3D右边有一个小箭头，点击，选择导出格式和位置，即可获得可打印的stl文件。
4. 打印模型。
stl满足一般3D打印的文件需求，找到合适的打印机，调整参数（包括颜色、缩放率、填充率等。我使用的缩放率是40%，成品尺寸如上图所示，填充率为15%，颜色没找到粉色就使用了灰色）
5. 最终的一些提示。
（1）nii文件医院不一定能够提供，博主本人是参加研究获得的脑部核磁影像
（2）受文件以及打印精度限制，成品可能并不光滑。可以使用blender调整或者对成品用砂纸打磨
（3）本帖不涉及任何医疗建议，不能反映真实的解剖结构，身体不适请咨询医生。医学影像属个人隐私，请勿轻易分享或公布给他人。
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